一、查詢(xún)的準(zhǔn)確性無(wú)法得到絕對(duì)的保障。任何國(guó)家和機(jī)構(gòu)都不保證查詢(xún)的絕對(duì)準(zhǔn)確性，造成這種情況的原因主要是供查詢(xún)的檔案不夠完備、不夠準(zhǔn)確以及檢索人員對(duì)官方關(guān)于近似的審查尺度把握不準(zhǔn)確，將應(yīng)該視為近似的商標(biāo)視為不近似而不予報(bào)告，不應(yīng)視為近似的卻判斷為近似。
二、從查詢(xún)的范圍上看，某些國(guó)家只能查文字及數(shù)字商標(biāo)，不能查圖形商標(biāo)。相對(duì)說(shuō)來(lái)，文字商標(biāo)及數(shù)字的查詢(xún)比較簡(jiǎn)單，而圖形商標(biāo)的查詢(xún)工作量大且難度較高，使得部分國(guó)家不接受關(guān)于圖形商標(biāo)的查詢(xún)。因此，在這些國(guó)家，人們無(wú)法在通過(guò)查詢(xún)?cè)谏暾?qǐng)前獲得在先注冊(cè)或申請(qǐng)的圖形商標(biāo)商標(biāo)的情況，因此不可能對(duì)是否會(huì)在申請(qǐng)過(guò)程中遇到障礙做到心中有數(shù)。
三、新提交的申請(qǐng)要經(jīng)過(guò)一段時(shí)間才能供人查詢(xún)。新提交的申請(qǐng)通常要等數(shù)星期才能獲得官方的收據(jù)。而申請(qǐng)日期，申請(qǐng)?zhí)枴⑸虡?biāo)圖樣、商品、申請(qǐng)人名稱(chēng)地址等信息要在官方收據(jù)發(fā)出后才能被輸入電腦數(shù)據(jù)庫(kù)或記錄在商標(biāo)文獻(xiàn)庫(kù)內(nèi)。因此，會(huì)有一部分提交不久的申請(qǐng)無(wú)法通過(guò)查詢(xún)查出，而在這部分申請(qǐng)中就可能存在對(duì)查詢(xún)?nèi)怂峤坏纳暾?qǐng)構(gòu)成障礙。
四、要求優(yōu)先權(quán)的申請(qǐng)可能對(duì)查詢(xún)之后提交的申請(qǐng)構(gòu)成障礙。《巴黎公約》規(guī)定，任何《巴黎公約》成員國(guó)的申請(qǐng)人在向某一成員國(guó)提交商標(biāo)注冊(cè)申請(qǐng)后的六個(gè)月內(nèi)，都可以在向另一成員國(guó)提交同一商標(biāo)的注冊(cè)申請(qǐng)時(shí)要求優(yōu)先權(quán)，即將其第一次申請(qǐng)的日期作為申請(qǐng)日期。因此，有的商標(biāo)申請(qǐng)可以通過(guò)要求優(yōu)先權(quán)獲得一個(gè)較早的申請(qǐng)時(shí)期，從而可能對(duì)實(shí)際提交日期在前的商標(biāo)申請(qǐng)構(gòu)成障礙，由于這種情況的不可預(yù)知性，商標(biāo)查詢(xún)也就無(wú)能為力。
五、較難查明跨類(lèi)近似的商標(biāo)。在多數(shù)國(guó)家，查詢(xún)是按照商品及服務(wù)的分類(lèi)進(jìn)行的，但在《商標(biāo)注冊(cè)用商品及服務(wù)國(guó)際分類(lèi)》及其它一些國(guó)家或地區(qū)的分類(lèi)中，都存在著跨類(lèi)近似的問(wèn)題。如在中國(guó)國(guó)家工商局商標(biāo)局使用的《類(lèi)似商品區(qū)分表》中明確寫(xiě)明：國(guó)際分類(lèi)表第21類(lèi)的“化妝用具”與第3類(lèi)的“成套化妝用具”類(lèi)似，第9類(lèi)的“電焊設(shè)備”與第7類(lèi)的“焊接設(shè)備”近似。還有一些商品雖然未在商品區(qū)分表中列明為跨類(lèi)近似，但根據(jù)商品的性質(zhì)、用途，有可能被審查官認(rèn)定與另一類(lèi)別的商品近似，如某個(gè)使用商品為第7類(lèi)的“火花塞”的商標(biāo)申請(qǐng)經(jīng)異議后被裁定與已注冊(cè)的使用在第12類(lèi)“汽車(chē)上使用的火花塞”的另一商標(biāo)近似。對(duì)于這類(lèi)商品，僅在一類(lèi)商品上進(jìn)行檢索是不夠約，只有依賴(lài)具有豐富商品分類(lèi)知識(shí)的專(zhuān)業(yè)人員的建議，在多個(gè)類(lèi)別上進(jìn)行檢索才能盡量避免漏掉可能構(gòu)成障礙的商標(biāo)注冊(cè)或申請(qǐng)。
六、可能構(gòu)成障礙的馳名商標(biāo)不在查詢(xún)的范圍內(nèi)。根據(jù)《巴黎公約》的規(guī)定，對(duì)未注冊(cè)的馳名商標(biāo)應(yīng)加以保護(hù)，而某個(gè)商標(biāo)是否馳名，要由各國(guó)商標(biāo)主管當(dāng)局或法院根據(jù)具體情況去判定。因此，商標(biāo)檢查無(wú)法查出的某個(gè)未注冊(cè)商標(biāo)如果被認(rèn)定為馳名商標(biāo)而根據(jù)《巴黎公約》享受保護(hù)時(shí)，就可能對(duì)與其近似的商標(biāo)構(gòu)成障礙。還有，對(duì)馳名商標(biāo)的保護(hù)往往不限于其注冊(cè)的類(lèi)別和商品，這也是在進(jìn)行商標(biāo)查詢(xún)之前必須了解的。如某一生產(chǎn)飲料企業(yè)的商標(biāo)并未在“服裝”上進(jìn)行注冊(cè)，但由于被認(rèn)定為馳名商標(biāo)，另一企業(yè)在服裝上注冊(cè)的同樣商標(biāo)就被依法撤銷(xiāo)。
由于商標(biāo)查詢(xún)存在以上局限，因此，任何查詢(xún)結(jié)果都只能作為一種參考，不能作為法律依據(jù)要求商標(biāo)注冊(cè)當(dāng)局或查詢(xún)代理人承擔(dān)責(zé)任。但是，盡管存在許多局限，商標(biāo)查詢(xún)的價(jià)值是無(wú)可否認(rèn)的。實(shí)際上，商標(biāo)檢索無(wú)法涵蓋的商標(biāo)申請(qǐng)畢竟是少數(shù)，跨類(lèi)近似與馳名商標(biāo)造成的障礙也只是特例。經(jīng)過(guò)查詢(xún)后再提交的商標(biāo)申請(qǐng)，其注冊(cè)的成功率大大高于未經(jīng)過(guò)查詢(xún)即提交的申請(qǐng)的成功率。因此，為使自己的商標(biāo)盡可能順利的獲得注冊(cè)及保護(hù)，商標(biāo)所有人應(yīng)積極運(yùn)用商標(biāo)查詢(xún)的這一有效的工具，使其發(fā)揮開(kāi)路搭橋的“先遣軍”的作用。